مهم‌ترین ویژگی‌های این اثر به شرح زیر است :
 

برای نخستین بار در ایران، مسائل مربوط به بنادر و دریانوردی در دو حوزه دریایی شمال و جنوب در یک اثر مستقل و با رویکردی ملی و فراگیر مورد بررسی و ارزیابی قرار گرفته است.
برای نخستین بار در این اثر بالغ بر ۶۰۰۰ سند و مدرک و شواهد تاریخی مرتبط با بنادر و دریانوردی از آرشیوهای معتبر داخلی و خارجی از جمله آرشیوهای روسیه و چین و بریتانیا و هلند و پرتغال مورد استفاده قرار گرفته و معرفی می گردد.
برای نخستین بار در ایران موضوع «بنادر و دریانوردی» در یک صد سال اخیر با بهره گیری از اسناد آرشیوی داخلی و خارجی معرفی و دوره بندی و مهمترین ویژگی های اجتماعی آن شناسایی شده و راهکارهایی برای توسعه آینده بنادر بر اساس نظریه «دالانهای طبیعی زاگرس» ارائه شده است.
برای نخستین بار تحولات دریای خزر و خلیج فارس و دریای عمان در سه دایره «تحولات داخلی»، «تحولات منطقه ای» و «تحولات جهانی» تحلیل و ارزیابی شده است.
فنون دریایی بومی و دانش بومی دریانوردی در این تحقیق به طور کامل شناسایی و معرفی و زمینه لازم برای «ثبت جهانی میراث معنوی دریانوردی ایران» فراهم آمده است.
مسأله «تداوم تاریخی حاکمیت ملی ایران بر جزایر خلیج فارس» بر اساس یک روند کرونولوژیک تاریخی مورد بررسی قرار گرفته و اسناد و مدارک تاریخی «تداوم حاکمیت ایران بر جزایر خلیج فارس» از آرشیوهای داخلی و خارجی معرفی و شناسایی شده و در این تحقیق به کار گرفته شده است.
برای نخستین بار همزمان با بررسی روند تحولات تاریخی بنادر و جزایر ایرانی، آبادیها و شهرهای «پس کرانه ای و «جابجایی مسیرها و ایستگاه های پس کرانه ای» و تأثیر جابجایی مسیرها بر رونق و یا افوق شهرهای پس کرانه ای در این تحقیق در یک روند تاریخی چند هزار ساله مورد بررسی و ارزیابی قرار گرفته است.
برای نخستین بار، بنادر و جزایر خلیج فارس در این تحقیق بر اساس «وحدت جغرافیایی و تاریخی» به پنج مننطقه «خوزستان»، «بوشهر» «سواحل مروارید»، «سواحل باستانی هرموز» و «مکران» تقسیم بندی شده است.
برای نخستین بار به ظهور و کارکرد بنادر دریای مازندران و تأثیر آن بر تحولات اقتصادی و اجتماعی کرانه های خزری و نیز پس کرانه های آن از شمالی ترین نقطه تا شرقی ترین بندر و راههای دریایی توجه شده است.
برای نخستین بار موضوع کریدور شمال – جنوب و برنامه دولت ایران برای اتصال خلیج فارس به درایی مازندران و گشایش راه دریایی شمالی از طریق ولگا برای دسترسی به دریای بالتیک در برنامه ای از حدود ۵۰۰ سال پیش مورد توجه قرار گرفته است.
همه ویژگی های مطالعه بین رشته ای در آن رعایت شده و کارگروه تحقیق بر اساس ویژگی های بین رشته ای از استادان و متخصصان مربوطه از رشته های تاریخ و باستان شناسی و مردم شناسی و آمار و جغرافیا و حمل و نقل و شهرسازی و هنر و زبان شناسی تشکیل شده است.

اطلس تاریخ بنادر و دریانوردی ایران در ۱۲ فصل تنظیم شده است و حاصل پژوهش های آقایان محمدباقر وثوقی و منصور گل‌صفت از استادان دانشگاه تهران است که ۵ فصل نخست آن در جلد اول، فصل ۶ تا فصل ۹ در جلد دوم و فصل ۱۰ تا ۱۲ آن در جلد سوم آمده است.
عناوین سرفصل‌های این کتاب شامل موارد زیر است:
 

فصل اول: خلیج فارس از سپیده دم تاریخ تا دوره هخامنشیان
فصل دوم: دریانوردی ایرانیان و بنادر خلیج فارس در دوره هخامنشیان
فصل سوم: بنادر و جزایر خلیج فارس در دوره اشکانیان
فصل چهارم: دریانوردی ایرانیان و بنادر خلیج فارس در دوره ساسانیان
فصل پنجم: دریای خزر پیش از اسلام
فصل ششم: خلیج فارس و دریای عمان در سده‌های نخستین اسلامی و تحول فنون دریانوردی
فصل هفتم: بنادر خلیج فارس و دریای عمان از قرن هفتم تا قرن دهم هجری
فصل هشتم: بنادر خزری در قرون نخستین اسلامی تا صفویان
فصل نهم: بنادر و دریانوردی خزری در عهد صفویان تا معاصر
فصل دهم: بنادر و جزایر خلیج فارس در نقشه های تاریخی پس از صفویه
فصل یازدهم: مروری بر تحولات اجتماعی بنادر و جزایر خلیج فارس در قرن چهاردهم شمسی (بررسی اجمالی)
فصل دوازدهم: توسعه بنادر و جزایر خلیج فارس در دوره انقلاب اسلامی

دکتر عباس آخوندی وزیر راه و شهرسازی در بخشی از مقدمه کتاب آورده است: ایران به عنوان مرکز تمدن ایران شهری هنوز پرچمدار یکی از کهن‌ترین تمدن‌های بشری است. این تمدن که بازتاب دهنده یکی از باشکوه‌ترین و کاراترین نمونه‌های سازگاری انسان، اقلیم و طبیعت است هنوز آموزه‌های زیادی برای عرضه به بشریت در روزگار پرمخاطره زیست‌محیطی معاصر دارد. در این بافتار، سازمان بنادر و دریانوردی ایران ضرورت توجه به پژوهش‌های مربوط به پیشینه و تحولات تاریخی بنادر و دریانوردی ایران را وجهه همت خود قرار داد.
در بخش دیگر نیز آمده است: سازمان بنادر و دریانوردی امیدوار است با انتشار این اطلس به سهم خود زمینه تحقق اهداف تمدنی سند چشم‌انداز توسعه جمهوری اسلامی ایران در عرصه دریایی را آماده ساخته و دستاوردهای آن مورداستفاده برنامه‌ریزان سیاست‌های کلان توسعه و تحول بنادر و دریانوردی ایران در کرانه‌های خزری، خلیج‌فارس و سواحل مکران قرار گیرد.
همچنین محمد سعیدنژاد معاون وزیر و مدیرعامل سازمان بنادر و دریانوردی در دولت یازدهم نیز در مقدمه این اطلس آورده است: مرکز بررسی‌ها و مطالعات راهبردی سازمان بنادر و دریانوردی در پژوهشی گسترده که با استفاده از توانمندی‌های علمی دانشگاه تهران نزدیک به دو سال به طول انجامید بر شناسایی و مستندسازی گنجینه‌های تاریخی کشور در حوزه بنادر و دریانوردی اهتمام ورزید. بی‌شک، مطالعه این مجموعه فاخر، درس‌آموزه‌های متعددی را برای ارتقای منزلت کشور به ویژه در حوزه دریا در اختیار سیاستگذاران، مدیران، کارشناسان، فعالان، پژوهشگران و علاقمندان به صنعت حمل و نقل دریایی قرار خواهد داد.