این کتاب در دو بخش «منطق پژوهش» و «آسیب شناسی تاریخی» سامان یافته است. در بخش اول با تفصیل منطق پژوهش و نحوه مواجهه درست با مسئله پژوهشی تبیین میشود.
در بخش دوم، ابتدا آفات و آسیبهایی که گزارشهای تاریخی بدان دچار شدهاند تشریح میشود. تا کسی که میخواهد وارد میدان پژوهش در تاریخ اسلام شود بداند با چه مشکلاتی در این عرصه روبه روست. سپس پارهای از مهمترین آسیبهای روشی که پژوهشگران بدان مبتلا شدهاند به خواننده گوشزد میشود تا پژوهش خود را از چنین آسیبهایی دور نگه دارد. از طرف دیگر، چون تاریخ پژوهی هم جنبهی نظری دارد و هم جنبه عملی، برای اینکه مسائلی که در تبیین منطق پژوهش و همچنین در آسیبهای تاریخی بیان می شود صرفا انتزاعی و فرضی نباشد، در سراسر کتاب کوشش شده با رویکردی تطبیقی برای هر مسئله نظری، مثالهای متعدد تاریخی آورده شود تا خواننده به طور ملموس با مطالب مطرح شده آشنا شود و ارتباط برقرار کند.

